Skalkovski, делать изменения надо в том же DDs файле, который вы экспортировали. А вы видимо создали новый. Другими словами последовательность действий должна быть такой, и только такой:
экспортируем из воркшопа спекуляр DDS-ку, открываем её в Фотошопе, закрашиваем, так как нам нужно и сохраняем.
По поводу первого вопроса не понял.
Объясните попонятней - желательно в картинках. Я постараюсь вам помочь.