Pyralid
Файлы ставятся по записям - т.е. в твоем случае на два файла будет установлен один меш и два реколора (а скорее casparta) к нему, что собственно и игра за тебя сделает если ты их просто так поставишь, но будет дольше.
S3DuplFinderом, по файлам пройдись, вполне приличный сабж, даже "конкуренты" признали, repacker изначально не предназначен для поиска дубликатов файлов, в 1.40 наработки функционала для этого были вырезаны