Monstrum, к сожалению, бывает сие недоразумение с сохранёнными проектами даже на одном и том же компе без переустановки. В душе не чаю, откуда он берётся - у меня он, окаянный, появлялся и сразу же после экспорта (хорошо, если не до).
Могут только посоветовать
стереть кэш и миниатюры (файлы в папке Thumbnails). Вдруг поможет? И в будущем экспортировать все вещи в игру сразу же после создания. Так они точно останутся в сохранности.