[Tomcat]

Influence, если отключить защиту системы, то все сохранённые точки будут удалены, а вот насчёт архивации данных (диска), то вроде бы это не должно влиять. Но архивации винды, лично я не доверяю категорически — предпочитаю всё делать руками, исключение — только восстановление системы, из-за отсутствия альтернатив.