Ничего не делать! Это рабочие программные папки. Самое главное - старайтесь логически близкие объекты размещать на одном слое, другие - на другом. И всякий раз проверяйте, где вы находитсе, прежде чем ляпать объект на карту.
Но даже если ошиблись, можно переместить.
Ладно, если не умру в ближайшие дни, попробую наваять.
